如何用ggplot2基于归一化相对丰度数据绘制等高堆叠条形图？

需求背景 #

需要基于范围0-1的归一化数据绘制等高堆叠条形图，处理df1时已成功实现，处理df2时堆叠条形图高度不一致，需调整代码。

df1成功代码 #

library(ggplot2)
p<-ggplot(data=df1, aes(x=ids, y=value, fill=variable)) +
  geom_bar(stat="identity") + theme(
    axis.title.x = element_text(color="black", size=14, face="bold"),
    axis.title.y = element_text(color="black", size=14, face="bold")
  )
p + labs( y= "Relative_abundance", x= "Patients_ids") + scale_fill_discrete(name = "Phylum")+ coord_flip()

df2问题代码（高度不一致） #

library(ggplot2)
p<-ggplot(data=df2, aes(factor(state_time))) +
  geom_bar (aes(group = variable, fill=variable)) + theme(
    axis.title.x = element_text(color="black", size=14, face="bold"),
    axis.title.y = element_text(color="black", size=14, face="bold")
  )
p + labs( y= "Relative_abundance", x= "Soil_Types") + scale_fill_discrete(name = "Taxon")+ 
   theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1))+ coord_flip()

修改方案及代码 #

问题根源是df2的代码未指定y轴的归一化数值映射，geom_bar默认执行计数统计，而非使用你的归一化value列。需参照df1的逻辑调整：

1. 在ggplot的aes中添加y=value，指定使用归一化数值
2. 为geom_bar设置stat="identity"，确保直接使用原始数值堆叠
3. 添加scale_y_continuous(limits = c(0,1))固定y轴范围0-1

修改后的完整代码：

library(ggplot2)
p<-ggplot(data=df2, aes(x=factor(state_time), y=value, fill=variable)) +
  geom_bar(stat="identity") + 
  theme(
    axis.title.x = element_text(color="black", size=14, face="bold"),
    axis.title.y = element_text(color="black", size=14, face="bold"),
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1)
  )
p + labs(y= "Relative_abundance", x= "Soil_Types") + 
  scale_fill_discrete(name = "Taxon") +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 1)) +
  coord_flip()

说明 #

• 确保df2的结构和df1一致：包含state_time（分类x轴）、value（0-1的归一化值）、variable（分组填充列）三列
• stat="identity"是关键，它告诉ggplot直接使用y=value的数值，而非自动计数
• scale_y_continuous(limits = c(0,1))强制y轴锁定在0到1的范围，保证所有堆叠条高度统一

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bob