使用Gnina做蛋白-配体对接遇问题：输出无蛋白+Open Babel警告

问题现象 #

• 对接生成的输出pdb文件仅包含配体结构，无蛋白结构
• 运行对接命令时出现Open Babel警告：

*** Open Babel Warning in PerceiveBondOrders
Failed to kekulize aromatic bonds in OBMol::PerceiveBondOrders

运行命令 #

gnina -r 6vl4/6vl4.pdb -l ligand/structure.sdf --autobox_ligand 6vl4/6vl4_B_QY1.sdf --device 0 --minimize_single_full --pose_sort_order CNNaffinity -o ../gnina_output/6vl4_structure_docked.pdb --seed 0

环境信息 #

• Ubuntu 18.04
• Python 2.7

问题分析与解决 #

输出仅含配体的问题 #

Gnina默认仅输出对接后的配体结构，若需要保留蛋白或输出蛋白-配体复合物，需添加对应参数：

• 使用--complex_out参数指定复合物输出路径，直接生成包含蛋白和配体的pdb文件
• 修改后的命令示例：

gnina -r 6vl4/6vl4.pdb -l ligand/structure.sdf --autobox_ligand 6vl4/6vl4_B_QY1.sdf --device 0 --minimize_single_full --pose_sort_order CNNaffinity -o ../gnina_output/6vl4_structure_docked.pdb --complex_out ../gnina_output/6vl4_complex.pdb --seed 0

Open Babel kekulize警告问题 #

该警告并非Gnina组件本身问题，而是输入配体文件的芳香环定义存在异常：

• 检查ligand/structure.sdf或6vl4/6vl4_B_QY1.sdf文件，这类SDF可能未正确标记芳香键，或存在不规范环结构
• 用Open Babel预处理配体文件修复键序：

obabel ligand/structure.sdf -O ligand/structure_fixed.sdf --gen3d --kekulize

使用修复后的SDF文件重新运行对接，警告通常会消失

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JeongSoo Na