如何将换行分隔的SRR_Acc_list.txt内容转为SAMPLES列表？

下面提供几种简单的命令行实现方式，帮你把换行分隔的文本转换成目标格式：

方法1：使用sed命令 #

一行命令即可完成转换：

echo 'SAMPLES = ["'$(sed ':a;N;$!ba;s/\n/", "/g' ./input/SRR_Acc_list.txt)'"]'

原理说明 #

• :a;N;$!ba：将文件所有内容读入一个缓冲区，把多行合并成一个整体处理
• s/\n/", "/g：把所有换行符替换成", "
• 最后用echo拼接成SAMPLES = ["..."]的格式

方法2：使用awk命令 #

如果更习惯用awk，也可以这样写：

echo 'SAMPLES = ["'$(awk '{printf "%s\", \"", $0}' ./input/SRR_Acc_list.txt | sed 's/", "$//')'"]'

原理说明 #

• awk '{printf "%s\", \"", $0}'：逐行输出每个样本ID并追加", "
• sed 's/", "$//'：去掉最后一行多余的", "
• 再通过echo包裹成目标格式

方法3：纯Bash脚本（无额外工具依赖） #

如果不想依赖sed/awk，用纯Bash循环也能实现：

#!/bin/bash
result='SAMPLES = ["'
while IFS= read -r line; do
    result+="$line\", \""
done < ./input/SRR_Acc_list.txt
# 移除末尾多余的 ", " 并闭合括号
result="${result%\", \"}']"
echo "$result"

原理说明 #

• 逐行读取文件内容，拼接成带", "分隔的字符串
• 最后修正末尾的多余字符，补全列表格式

你之前用的tr -d '\n'只是单纯删除换行符，没有添加引号和分隔符，所以无法得到预期的列表结构。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anon