Scanpy循环生成t-SNE图仅首个正常，后两个子图为空的问题排查

以下是导致仅第一个子图正常显示、其余为空的常见原因及对应解决方案：

1. 未显式指定绘图的子图轴对象（最常见） #

Scanpy的sc.pl.tsne()默认会创建新的Matplotlib画布，若循环中未将每个子图的ax对象传入函数，后续绘图会脱离当前子图网格，导致后续子图为空。

错误示例（无ax参数）：

fig, axes = plt.subplots(1,3)
for i, cond in enumerate(['AB','AC','AD']):
    adata_sub = adata_all[adata_all.obs['condition'] == cond]
    sc.pl.tsne(adata_sub)  # 默认创建新画布，不使用axes[i]

修正方法：
给sc.pl.tsne()添加ax=axes[i]参数，指定绘图到对应子图，同时设置show=False避免提前显示画布：

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(15,5))
conditions = ['AB','AC','AD']

for i, cond in enumerate(conditions):
    adata_sub = adata_all[adata_all.obs['condition'] == cond].copy()
    # 指定子图轴并关闭自动显示
    sc.pl.tsne(adata_sub, ax=axes[i], title=f'Condition: {cond}', show=False)

plt.tight_layout()
plt.show()

2. 子集化后的adata未计算t-SNE嵌入 #

若仅在全数据集adata_all上计算了t-SNE，子集化后的adata_sub可能没有对应的obsm['X_tsne']键，导致绘图时无数据可展示。

修正方法：
在循环内为每个子集重新计算t-SNE（全数据集的嵌入不适用于子集，单独计算更合理）：

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(15,5))
conditions = ['AB','AC','AD']

for i, cond in enumerate(conditions):
    adata_sub = adata_all[adata_all.obs['condition'] == cond].copy()
    # 检查是否存在t-SNE嵌入，不存在则计算
    if 'X_tsne' not in adata_sub.obsm:
        sc.tl.tsne(adata_sub, perplexity=30)  # 根据数据规模调整perplexity参数
    sc.pl.tsne(adata_sub, ax=axes[i], title=f'Condition: {cond}', show=False)

plt.tight_layout()
plt.show()

3. 循环中子图索引错误 #

若创建子图时的轴对象遍历方式错误（比如误将1D轴数组当作2D处理），会导致后续子图未被正确赋值。

错误示例：

fig, axes = plt.subplots(1,3)
for i in range(3):
    # 错误使用二维索引，1行3列的axes是一维数组
    sc.pl.tsne(adata_sub, ax=axes[0,i], show=False)

修正方法：
直接使用一维索引axes[i]遍历子图轴对象。

4. 循环内过早调用plt.show() #

若在循环内部调用plt.show()，会关闭当前画布，后续绘图无法在原有子图网格中展示。

错误示例：

for i, cond in enumerate(conditions):
    sc.pl.tsne(adata_sub, ax=axes[i], show=True)  # 每次循环都显示画布，导致后续子图失效

修正方法：
循环内设置show=False，最后统一调用plt.show()。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者minoo