如何使用for循环合并下划线前前缀匹配的多个fastq文件？

目录下有多个fastq文件，需要把下划线前前缀完全匹配的成对文件合并。

输入文件：

SRR9200887_1.fastq
SRR9200887_2.fastq
SRR9200888_1.fastq
SRR9200888_2.fastq
SRR9200889_1.fastq
SRR9200889_2.fastq

预期输出：

SRR9200887.fastq
SRR9200888.fastq
SRR9200889.fastq

尝试的代码：

for l in $(ls *.fastq | cut -d_ -f1 | sort |uniq); do cat ${l}*.fastq

原代码的问题是没把合并结果写入目标文件，而且用ls解析文件名容易在文件名含特殊字符时出错，下面是两种可行的修正方案：

方案一：安全的循环写法 #

# 先提取所有唯一前缀，再逐个合并
printf "%s\n" *.fastq | cut -d_ -f1 | sort -u | while read base; do
    cat "${base}_"*.fastq > "${base}.fastq"
done

方案二：更简洁的版本 #

for base in $(printf "%s\n" *.fastq | cut -d_ -f1 | sort -u); do
    cat "${base}_"*.fastq > "${base}.fastq"
done

核心修正说明： #

1. 增加> "${base}.fastq"重定向，将合并后的内容写入对应前缀的输出文件
2. 用"${base}_"*.fastq精准匹配前缀对应的成对文件，避免误匹配其他类似命名的文件
3. 用printf "%s\n" *.fastq替代ls，处理文件名更可靠，不会因为空格、特殊字符出问题

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