在Julia中使用RDKitMinimalLib能否获取完整化学键列表？

方案1：利用RDKitMinimalLib底层函数组合实现 #

RDKitMinimalLib虽然没有直接封装GetBonds()，但暴露了部分底层C接口绑定，可以通过这些基础函数手动提取键列表：

using RDKitMinimalLib

function get_bonds(mol)
    bonds = []
    num_bonds = get_num_bonds(mol)
    for i in 0:num_bonds-1
        # 底层接口是0-based索引，转成Julia常用的1-based
        idx1, idx2 = get_bond_atom_indices(mol, i)
        bond_type = get_bond_type(mol, i)
        push!(bonds, (atom1=idx1+1, atom2=idx2+1, type=bond_type))
    end
    return bonds
end

# 测试示例
mol = parse_smiles("CCO")
bonds = get_bonds(mol)

方案2：从MOL/SDF文件直接解析键信息 #

如果你的分子来自MOL或SDF文件，可以直接解析文件文本中的键段，无需依赖库的键提取接口：

function bonds_from_molblock(molblock)
    bonds = []
    lines = split(molblock, '\n')
    # MOL格式中，原子数在第4行，键段紧跟原子段之后
    atom_count = parse(Int, split(lines[4])[1])
    bond_start_line = 5 + atom_count
    
    for line in lines[bond_start_line:end]
        isempty(strip(line)) && break
        parts = split(strip(line))
        length(parts) < 3 && continue
        idx1 = parse(Int, parts[1])
        idx2 = parse(Int, parts[2])
        # 键类型映射：1=单键，2=双键，3=三键，4=芳香键
        bond_type = parse(Int, parts[3])
        push!(bonds, (atom1=idx1, atom2=idx2, type=bond_type))
    end
    return bonds
end

# 测试示例
molblock = read("your_molecule.mol", String)
bonds = bonds_from_molblock(molblock)

方案3：切换到Julia原生 cheminformatics 库 #

如果RDKitMinimalLib的局限难以接受，可以考虑替代库：

• MolecularGraph.jl：提供完整的分子结构遍历接口，用法更贴近完整版RDKit：

using MolecularGraph

mol = smilestomol("CCO")
# 获取所有键的迭代器
bonds = edges(mol)
for bond in bonds
    println("原子 ", src(bond), " - ", dst(bond), " : 键类型 ", bondtype(mol, bond))
end

• ChemistryFeaturization.jl：支持分子结构解析与键信息提取，适合机器学习场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shredderroy