如何在Linux中使用RNAplot命令绘制RNA二级结构环形图？

先解决RNAplot无法调用的问题 #

• 激活conda环境：conda安装的Vienna RNA包仅在对应激活的环境中可用，执行以下命令激活环境（替换为你的环境名）：

  conda activate vienna_rna_env
  

• 验证安装：激活环境后执行 which RNAplot，若返回命令路径则安装正常；若无输出，重新安装包：

  conda install -c bioconda viennarna
  

• 检查版本：确保安装的是最新稳定版，避免旧版本的兼容性问题。

绘制环形图的步骤 #

1. 准备输入文件 #

推荐使用包含RNA序列和点括号结构的FASTA格式文件（示例input.fa）：

>target_rna
UGGAGUUCAGACUCCCUGUUCACCGGAGACGAAGACUCGGAGUUCUGUUCACCGGAGACG
((((..((((........)))).((((........)))).((((........)))))..))))

若只有点括号结构文件（无序列），可以使用纯结构文本（示例struct.txt）：

((((..((((........)))).((((........)))).((((........)))))..))))

2. 执行RNAplot生成环形图 #

• 针对FASTA格式输入（含序列+结构），使用-c参数指定环形布局：

  RNAplot -c < input.fa
  

• 针对纯结构输入，添加-s参数声明仅输入结构：

  RNAplot -c -s < struct.txt
  

3. 处理输出文件 #

RNAplot默认生成PostScript格式的输出文件ss.ps，可转换为PDF或其他格式：

ps2pdf ss.ps rna_circular.pdf

你也可以使用系统自带的图像查看器直接打开ss.ps文件。

4. 自定义绘图参数（可选） #

执行 RNAplot --help 查看所有可用参数，例如：

• --fontsize 12：调整碱基字体大小
• --color：启用彩色配对显示
• --width 10：设置输出图的宽度（单位：英寸）

常见注意事项 #

• 确保点括号结构的配对合法（左右括号数量相等，无嵌套错误），否则RNAplot会报错。
• 提供RNA序列能让RNAplot生成更精准的布局，仅用结构的话会使用默认长度占位，可能影响美观。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hyeonggon Cho