如何为gtsummary的add_p()添加chisq.test的simulate.p.value参数？

要在add_p()中给卡方检验添加simulate.p.value = TRUE参数，你需要自定义一个卡方检验函数，再在add_p()中指定使用这个自定义函数，具体步骤如下：

1. 自定义带模拟p值的卡方检验函数 #

先封装一个包含模拟参数的卡方检验函数，适配gtsummary的输出格式：

# 自定义卡方检验函数，开启模拟p值计算
chisq_test_sim <- function(data, variable, by, ...) {
  # 生成列联表
  contingency_tbl <- table(data[[variable]], data[[by]])
  # 调用chisq.test并开启模拟p值，默认模拟2000次（可调整B参数）
  test_result <- chisq.test(contingency_tbl, simulate.p.value = TRUE, B = 2000, ...)
  
  # 按gtsummary要求的格式返回结果
  tibble::tibble(
    statistic = test_result$statistic,
    p.value = test_result$p.value,
    method = "Pearson's Chi-squared test with simulated p-value (based on 2000 replicates)"
  )
}

2. 在add_p()中调用自定义函数 #

修改现有代码，将test参数指定为自定义函数：

gtobject %>%
  gtsummary::add_p(
    test = c(var1, var2) ~ chisq_test_sim  # 替换为你需要检验的变量名
  )

补充说明 #

• 函数中B = 2000是模拟重复次数，可根据需求调整（数值越大精度越高，但计算时间会增加）。
• 若不同变量需要不同检验方法，可在test参数中分别指定，比如var1 ~ chisq_test_sim, var2 ~ t.test。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mathica