使用mpirun/mpiexec调用LAMMPS别名时出现执行文件查找错误

原因 #

mpirun/mpiexec是直接调用系统可执行文件的工具，它不会启动你的zsh shell解析别名配置——别名是shell会话级别的自定义规则，仅在当前shell里生效，mpirun不会读取你的.zshrc别名设置，因此会找不到名为lammps的可执行文件。

解决办法 #

1. 直接使用可执行文件绝对路径 #

这是最直接的临时方案，把命令里的别名替换成lmp_mpi的绝对路径即可：

mpirun -np 2 /Users/myname/Documents/Project_Packages/lammps-23Jun2022/src/lmp_mpi -in in.fileName

2. 创建全局可访问的软链接 #

把lmp_mpi链接到系统PATH目录下（比如/usr/local/bin），让系统所有进程都能识别lammps：

# 执行时需输入管理员密码
sudo ln -s /Users/myname/Documents/Project_Packages/lammps-23Jun2022/src/lmp_mpi /usr/local/bin/lammps

创建完成后，直接运行mpirun -np 2 lammps -in in.fileName即可正常工作。

3. 通过shell进程包裹别名调用 #

让mpirun启动zsh进程来解析别名，命令格式如下：

mpirun -np 2 zsh -c 'lammps -in in.fileName'

注意：如果是多节点集群环境，所有节点都需要在对应的.zshrc里配置相同的别名，否则其他节点会报错找不到lammps。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SpencerSabatino