bsub命令生成新shell后后续命令未执行，求合并式解决方法

因为bsub -Is bash会创建全新的交互式shell，原脚本中后续命令会在父shell执行，无法进入新启动的作业shell。以下是无需拆分脚本的合并解决方法：

方法1：通过bash -c传递命令串 #

将所有需要在作业shell中执行的命令打包成字符串，通过bash -c参数传入，确保命令在新shell内执行：

bsub -n 10 -W 4:00 -Is bash -c "source ~/.bashrc && conda activate env && cd /lustre/scratch/user/ && jupyter notebook --no-browser --ip=127.0.0.1 --port=8850"

注：如果你的conda在非交互式shell中无法自动初始化，必须显式source ~/.bashrc（或对应的配置文件，比如~/.zshrc）加载conda环境。

方法2：使用Here-Doc传递多行命令 #

如果命令较多，用Here-Doc格式更易读，同时保证命令完全在新shell中执行：

bsub -n 10 -W 4:00 -Is bash << 'EOF'
# 加载shell配置以初始化conda
source ~/.bashrc
# 激活目标环境
conda activate env
# 切换到工作目录
cd /lustre/scratch/user/
# 启动Jupyter Notebook
jupyter notebook --no-browser --ip=127.0.0.1 --port=8850
EOF

这里用单引号包裹EOF，避免父shell解析命令中的变量或特殊字符，确保命令原封不动传入作业shell。

额外提示 #

如果集群要求先加载Anaconda模块，需在命令开头添加module load anaconda3（根据集群实际模块名调整）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sushant