使用spatstat转换图像为点模式报错：Can't interpret X as a point pattern

错误原因 #

你当前的代码将二值图像转为im类对象后直接传给as.ppp()，但as.ppp()无法直接将像素值矩阵解析为点模式——它需要的是前景像素的坐标集合，而非整个图像的像素矩阵。

修正方案 #

从二值图像中提取所有非零（前景）像素的坐标，再将坐标转换为点模式。以下是两种可行的修正代码：

方法1：直接从pixset提取坐标（更简洁） #

利用imager包的coords()函数直接提取pixset类型的二值图像中前景像素的坐标：

library(imager)
library(spatstat)

# 读取图像并预处理
img <- load.image("C:/Users/yyan2/Documents/Dec 21/F10F.jpg")
img_gray <- grayscale(img)
threshold <- 0.5 
img_thresh <- img_gray > threshold

# 提取前景像素坐标
pixel_coords <- coords(img_thresh)
x <- pixel_coords$x
y <- pixel_coords$y

# 创建匹配图像尺寸的窗口
image_window <- owin(xrange = c(1, ncol(img_thresh)), yrange = c(1, nrow(img_thresh)))

# 转换为点模式
point_pattern <- as.ppp(data.frame(x = x, y = y), window = image_window)

方法2：从spatstat的im对象提取坐标 #

如果需要基于你已生成的binary_image（im类）处理，可使用spatstat的which.im()函数提取值为1的像素坐标：

library(imager)
library(spatstat)

# 读取图像并预处理（保留你原有的步骤）
img <- load.image("C:/Users/yyan2/Documents/Dec 21/F10F.jpg")
img_gray <- grayscale(img)
threshold <- 0.5 
img_thresh <- img_gray > threshold
binary_image <- as.im(matrix(as.numeric(img_thresh), nrow = nrow(img_thresh),
                         ncol = ncol(img_thresh)))
image_window <- owin(c(1, ncol(img_thresh)), c(1, nrow(img_thresh)))

# 提取值为1的像素坐标并转换为点模式
pixel_coords <- which.im(binary_image, value = 1)
point_pattern <- as.ppp(pixel_coords, window = image_window)

额外注意事项 #

如果生成的点模式与原图像的上下方向相反（imager的y轴从顶部开始计数，spatstat的y轴从底部开始），可反转y坐标修正：

y <- nrow(img_thresh) - y + 1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user21605328