如何将PBS脚本的输出与错误文件以当前时间命名保存？

问题根源：PBS调度器不会解析#PBS指令中的shell命令（如$(date)），只会将其当作文件名的一部分，因此直接写在#PBS -o/-e中会原样输出。

方案1：在脚本主体中重定向输出（推荐） #

修改脚本，在bash执行逻辑中生成时间戳，通过exec重定向所有输出和错误：

#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=1GB,walltime=00:02:00
#PBS -N PBS_test
#PBS -V
#PBS -q Hercules
#PBS -v CONTAINER_IMAGE=docker_img

# 生成时间戳并定义输出目录
TIMESTAMP=$(date +%Y%m%d_%H%M%S)
OUTPUT_DIR="path_to_dir"

# 确保输出目录存在（可选，防止目录不存在导致写入失败）
mkdir -p "${OUTPUT_DIR}"

# 重定向标准输出和错误到对应文件
exec > "${OUTPUT_DIR}/output_${TIMESTAMP}.log" 2> "${OUTPUT_DIR}/error_${TIMESTAMP}.log"

# 后续作业命令示例
echo "作业开始执行"
# rest of your commands

脚本执行时，$(date)会被bash正确解析为当前时间戳，输出和错误会写入目标格式的文件。

方案2：提交作业时通过命令行指定输出文件 #

若不想修改脚本，可在qsub提交时直接指定带时间戳的路径，此时shell会先解析$(date)再传递给调度器：

qsub -o "path_to_dir/output_$(date +%Y%m%d_%H%M%S).log" -e "path_to_dir/error_$(date +%Y%m%d_%H%M%S).log" your_script.sh

注意：此方式的时间戳是作业提交时间，若作业需要排队，会和实际启动时间存在偏差。

方案3：使用PBS作业启动时间（更准确） #

若需记录作业实际启动的时间，可利用PBS提供的PBS_JOBSTARTTIME环境变量，转换为目标格式：

#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=1GB,walltime=00:02:00
#PBS -N PBS_test
#PBS -V
#PBS -q Hercules
#PBS -v CONTAINER_IMAGE=docker_img

# 从PBS_JOBSTARTTIME提取并转换时间戳
TIMESTAMP=$(date -d "${PBS_JOBSTARTTIME}" +%Y%m%d_%H%M%S)
OUTPUT_DIR="path_to_dir"

mkdir -p "${OUTPUT_DIR}"
exec > "${OUTPUT_DIR}/output_${TIMESTAMP}.log" 2> "${OUTPUT_DIR}/error_${TIMESTAMP}.log"

# 后续作业命令...

此方式的时间戳是作业被调度器实际启动的时间，更贴合作业执行的真实节点。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hrishikesh Satarkar