如何用R的venn包提取维恩图各区域的基因列表？

用R的venn包绘制完维恩图后，提取各区域基因列表只需捕获绘图函数的返回对象，就能直接获取所有交集的基因集合：

1. 先将维恩图结果存入变量

library(venn)

venn_list_no <- list(pt_v_lb = rownames(pt_v_lb_no), 
                     lbdm_v_lb = rownames(lbdm_v_lb_no), 
                     ptdm_v_lb = rownames(ptdm_v_lb_no), 
                     lbdm_v_pt = rownames(lbdm_v_pt_no), 
                     ptdm_v_pt = rownames(ptdm_v_pt_no), 
                     ptdm_v_lbdm = rownames(ptdm_v_lbdm_no))

# 把绘图结果赋值给venn_result，后续用它提取基因
venn_result <- venn(venn_list_no, zcolor = "style", ggplot = T, opacity = 0.2, box = F) + theme()

2. 查看所有交集区域的名称
   运行以下代码，会输出维恩图所有区域的标识——每个标识用&连接对应列表的名称，比如6个列表共有的区域就是所有列表名用&串联的字符串：

names(venn_result$intersections)

3. 提取目标区域的基因
   比如要提取6个列表共有的1251个基因，直接用对应的区域标识索引intersections部分：

# 提取6组共有的基因
common_6_groups <- venn_result$intersections[["pt_v_lb&lbdm_v_lb&ptdm_v_lb&lbdm_v_pt&ptdm_v_pt&ptdm_v_lbdm"]]

# 可查看前几个基因确认结果
head(common_6_groups)

# 需要保存到文件的话，用write.table即可
write.table(common_6_groups, "6组共有基因列表.txt", row.names = FALSE, col.names = FALSE, quote = FALSE)

其他区域的提取逻辑一致，比如要提取仅在pt_v_lb和lbdm_v_lb中存在的基因，使用对应的标识即可：

pt_lbdm_common <- venn_result$intersections[["pt_v_lb&lbdm_v_lb"]]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者406phage