如何配置GitHub Actions避免删除服务器未追踪的.env文件？

我用GitHub Actions自动部署项目到DigitalOcean的Ubuntu服务器，当前的YAML配置如下：

name: Continuous Deployment

on:
    push:
        branches:
            - main

jobs:
    deployment:
        runs-on: self-hosted
        steps:
            - name: Checkout main branch
              uses: actions/checkout@v3

            - name: Setup Node.js
              uses: actions/setup-node@v3
              with:
                  node-version: '16.x'

            - name: Install dependencies
              run: npm ci

            - name: Restart server
              run: npm run restart

服务器和本地的目录结构一致：

index.ts
someMiddleware.ts
.env

.gitignore里已经排除了.env：

.env

问题是每次GitHub Actions运行时，服务器上手动添加的.env文件都会被actions/checkout@v3删除，怎么配置才能避免这种情况？

可行的解决方案 #

1. 禁用checkout的工作区清理 #

actions/checkout@v3默认会清理工作区的未追踪文件，只需给这个动作加上clean: false参数就能禁用该行为，同时建议加上fetch-depth: 1减少不必要的历史拉取：

- name: Checkout main branch
  uses: actions/checkout@v3
  with:
      clean: false
      fetch-depth: 1

2. 备份再恢复.env文件 #

如果不想全局禁用工作区清理，可以在checkout前先把服务器上的.env备份到其他目录，完成checkout后再移回原位置：

steps:
    - name: Backup .env file
      run: |
          if [ -f .env ]; then
              cp .env ../.env.backup
          fi

    - name: Checkout main branch
      uses: actions/checkout@v3

    - name: Restore .env file
      run: |
          if [ -f ../.env.backup ]; then
              cp ../.env.backup .env
              rm ../.env.backup
          fi

    # 后续的Node.js配置、依赖安装等步骤不变

3. 用GitHub Secrets管理环境变量（更推荐） #

既然.env里都是敏感配置，更规范的做法是把这些变量存储到GitHub Secrets中，部署时直接注入到服务器环境，不用手动维护服务器上的.env文件。比如可以在Actions中添加步骤写入.env：

- name: Create .env file from GitHub Secrets
  run: |
      echo "DB_HOST=${{ secrets.DB_HOST }}" >> .env
      echo "API_KEY=${{ secrets.API_KEY }}" >> .env
      # 按需添加其他环境变量

这样每次部署都会自动生成包含最新敏感配置的.env，既安全又不用操心文件被删除的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者angry kiwi