如何绘制带facet_grid式标签且Y轴独立的facet_wrap图？

我有基因表达TPM值矩阵，包含2种细胞系、分组类型（实验组VS对照组），想要比较每个基因在两种细胞系中KD与对照组的TPM差异，需求如下：

• 两种细胞系的同基因子图平行展示
• 每个子图拥有独立Y轴（对应facet_wrap(scales="free_y")的效果）
• 标签布局像facet_grid那样共享，避免每个子图重复显示细胞系和基因名

当前尝试的两种方案各有缺陷：

• 用facet_wrap能实现独立Y轴，但每个子图都会重复显示细胞系和基因标签
• 用facet_grid能实现共享标签，但scales="free_y"仅支持整列共享Y轴，无法让每个子图的Y轴完全独立

目标是绘制出兼具两种方案优势的图形。

ggh4x包扩展了ggplot2的分面功能，其中facet_grid2可以同时实现每个子图独立Y轴和facet_grid式的共享标签布局，核心是通过independent = "y"参数实现完全独立的Y轴。

步骤1：安装并加载依赖包 #

# 首次使用需安装
install.packages("ggh4x")
library(ggh4x)
library(ggplot2)

步骤2：绘图代码 #

t3 <- ggplot(TPM_matrix, aes(x = Type, y = log10(TPM_value), color = Type)) +
  geom_point() +
  ggtitle("TPM levels") +
  # 关键：用facet_grid2实现独立Y轴+共享标签
  facet_grid2(Cell_Line ~ gene_name, scales = "free_y", independent = "y") +
  theme(
    strip.background = element_blank(),
    strip.text.y = element_text(size = 12, face = 'bold'),
    strip.text.x = element_text(size = 12, face = 'bold'),
    axis.text.x = element_blank(),
    legend.position = 'right',
    legend.title = element_text(size = 13),
    legend.text = element_text(size = 13),
    plot.title = element_text(color = "black", hjust = 0.5, vjust = 1, size = 20, face = 'bold')
  )
print(t3)

参数说明 #

• scales = "free_y"：允许Y轴刻度自由变化
• independent = "y"：让每个子图的Y轴完全独立（而非整列共享），这是实现需求的核心参数
• 保留了facet_grid的标签布局，细胞系标签仅在每行左侧显示一次，基因名标签仅在每列顶部显示一次

内容的提问来源于stack exchange，提问作者muz_i