如何使用R的cuminc函数指定累积发病率曲线的特定时间点？

核心解决方案 #

要实现指定时间点输出累积发病率并在图中显示对应刻度，分两步操作：正确使用cuminc()的timepoint参数，以及自定义绘图的x轴刻度。

完整修正代码 #

首先确保加载cmprsk包（cuminc()函数属于该包）：

library(cmprsk)

1. 模拟数据集（修正拼写错误）

# Set the sample size
n <- 8076
# Create a variable for follow-up time
time <- c(rep(180,6533),sample(1:179,n-6533,replace = TRUE))
# Create a variable for status
status <- ifelse(time==180,0,1) # 0= alive/censored, 1 = death
# Create age
age <- sample(18:90,n,replace = TRUE)
# Create gender
sex <- sample(c("male","female"),n,replace = TRUE)
# Combine
df <- data.frame(time,status,age,sex)

2. 指定时间点计算累积发病率

直接将目标时间点向量传入cuminc()的timepoint参数：

# Cumulative incidence function with specified time points
fit <- cuminc(time = df$time, 
              status = df$status, 
              group = df$sex, 
              timepoint = c(0, 30, 90, 180))
print(fit)

运行print(fit)后，输出结果会仅展示0、30、90、180这几个时间点的累积发病率数值。

3. 绘图并设置自定义x轴刻度

xlim仅用于设置x轴范围（需传入最小值和最大值），要显示指定刻度需用axis()函数手动添加：

# Plot the cumulative incidence curves with custom x-axis ticks
plot(fit, 
     xlab = "Days", 
     ylab = "Cumulative incidence", 
     ylim = c(0, 0.4),
     xlim = c(0, 180)) # 限定x轴范围覆盖目标时间点
axis(1, at = c(0, 30, 90, 180)) # 替换默认刻度为指定时间点

常见错误说明 #

• 用xlim=c(0,30,90,180)报错：xlim参数仅接受两个数值（x轴的最小、最大值），不能传入多个刻度点；
• 直接写timepoint(c(0,30,90,180))：这是语法错误，需将时间点向量作为cuminc()的timepoint参数传入函数内部。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user21637271