如何为大型dendrogram对象创建可复现示例?
问题:dendrapply处理大型树状图时触发C栈溢出错误
我在处理名为dend的树状图(dendrogram)对象时遇到问题:使用自定义函数通过dendrapply遍历该对象时,触发了栈溢出错误。
自定义函数代码
positiveheights <- function(x){ if(attributes(x)$height < 0){ attributes(x)$height = 0.0001 } x } dend = dendrapply(dend, positiveheights)
错误信息
Error: C stack usage 7969556 is too close to the limit
树状图对象信息
> dend 'dendrogram' with 2 branches and 20000 members total, at height 12.0029
> summary(dend) Length Class Mode [1,] 2 dendrogram list [2,] 2 dendrogram list
我需要生成这个dend对象的可复现示例,但对象过大无法用dput()输出。类似生成大型矩阵可以用set.seed(123); matrix(rnorm(big_number)),那该如何创建具备关键特征(如分支高度、20000个成员规模)的可复现树状图示例?
内容的提问来源于stack exchange,提问作者user438383
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