Mac终端下基因组序列修剪自动化流水线构建需求

准备工作 #

先把所有需要替换的基因组名称整理成单列CSV文件（比如命名为samples.csv），每行一个名称，示例内容如下：

001
002
ABC
XYZ

Bash脚本实现 #

创建一个名为trim_batch.sh的脚本，内容如下：

#!/bin/bash

# 读取CSV文件的每一行
while IFS= read -r sample_id
do
    # 跳过空行
    [[ -z "$sample_id" ]] && continue

    # 替换命令中的*为当前样本ID，执行Trimmomatic
    trimmomatic PE -phred33 "SA${sample_id}_1.fastq" "SA${sample_id}_2.fastq" \
        "SA_${sample_id}_forward_paired.fastq" "SA_${sample_id}_forward_unpaired.fastq" \
        "SA_${sample_id}_reverse_paired.fastq" "SA_${sample_id}_reverse_unpaired.fastq" \
        LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:36 -threads 6
done < samples.csv

使用方法 #

1. 给脚本添加执行权限：

chmod +x trim_batch.sh

2. 运行脚本：

./trim_batch.sh

注意事项 #

• 如果你的样本名包含空格或特殊字符，脚本里的双引号已经做了适配，无需额外修改
• 可以根据服务器实际资源调整-threads参数，避免资源过载
• 建议先拿1-2个样本测试脚本，确认输出文件正常后再批量执行

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Micaela Mossop