R中hclust转dendrogram再转回后绘图差异问题及解决

我手动创建了名为hc1a的hclust对象，代码如下：

# Create hc1a and plot
hc1a <- list()
hc1a$merge <- matrix(c(-8, -9,
                      -1, -2,
                      -5,  1,
                      -7,  2,
                      -3,  4,
                       3,  5,
                      -4,  6,
                      -6,  7), ncol = 2, byrow = T)
hc1a$height <- c(0.01333333, 0.02000000, 0.03833333, 0.05500000, 0.06888889, 0.10555556, 0.13285714, 0.19625000)
hc1a$order <- c(4, 3, 2, 1, 7, 5, 9, 8, 6)            
hc1a$labels <- c(4136, 4137, 4139, 4141, 4292, 4302, 4303, 4305, 4306)
class(hc1a) <- "hclust" 
plot(hc1a)

绘制得到对应树状图后，我将hc1a转为dendrogram对象，再转回hclust对象命名为hc1b：

# Create hc1b and plot
hc1b <- as.hclust(as.dendrogram(hc1a))
plot(hc1b)

但hc1b的树状图与hc1a存在差异，请问差异原因是什么？如何让hc1b绘图与hc1a完全一致？

• hclust转dendrogram再转回的过程中，merge矩阵的子节点顺序会被自动调整：dendrogram结构默认会按标签顺序或聚类规模重新排列子节点，而你手动定义的hc1a$merge里的左右合并顺序，和转换后生成的hc1b$merge不一致。
• 同时，hclust绘图依赖order属性确定叶子节点的排列，转换后的hc1b会根据新的merge矩阵重新生成order，导致叶子排列或分支左右位置改变，最终树状图呈现差异。

要让hc1b绘图与hc1a完全一致，只需将hc1a的order和merge属性覆盖到hc1b上，保留原始的聚类逻辑和叶子排列：

# 转换后替换为原始hclust的关键属性
hc1b <- as.hclust(as.dendrogram(hc1a))
hc1b$order <- hc1a$order
hc1b$merge <- hc1a$merge
# 重新绘图
plot(hc1b)

这样就能保证hc1b的聚类合并规则和叶子节点顺序与hc1a完全一致，树状图也就完全相同了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Patrick