如何在R的glca包中更改潜类别分析协变量的参考水平

问题说明 #

我正在用R语言的glca包估计带协变量的潜类别模型，当前协变量系数表中regiao变量的参考值为CENTRO-OESTE（中西部），希望将其修改为SUDESTE（东南部）。但glca函数里没有设置协变量参考水平的参数，查阅包文档也没找到相关方法。以下是当前的系数表：

优势比    系数     标准误    t值
(Intercept)                             2.8047      1.0313      0.5850    1.763
sexoM（男性）                           1.1808      0.1662      0.1864    0.892
regiaoNORDESTE（东北部）                 0.4893     -0.7147      0.4752   -1.504
regiaoNORTE（北部）                     0.2707     -1.3068      0.6937   -1.884
regiaoSUDESTE（东南部）                   0.5940     -0.5209      0.4273   -1.219
regiaoSUL（南部）                       0.6329     -0.4575      0.4557   -1.004
gde_areaCiências Biológicas（生物科学）    1.9771      0.6816      0.3534    1.929
gde_areaCiências da Saúde（健康科学）      0.6264     -0.4677      0.3312   -1.412
gde_areaCiências Exatas e da Terra（精确与地球科学） 1.8469 0.6135 0.3687 1.664
gde_areaCiências Humanas（人文科学）       0.5270     -0.6405      0.3110   -2.060
gde_areaCiências Sociais Aplicadas（应用社会科学） 0.5824 -0.5406 0.3591 -1.505
gde_areaEngenharias（工程学）             1.4810      0.3927      0.3889    1.010
gde_areaLingüística, Letras e Artes（语言、文学与艺术） 0.8935 -0.1126 0.4627 -0.243
gde_areaOutra（其他领域）                 0.5580     -0.5834      0.5493   -1.062
cat_nivel1B（等级1B）                    1.5110      0.4128      0.4167    0.990
cat_nivel1C（等级1C）                    1.2448      0.2190      0.3806    0.575
cat_nivel1D（等级1D）                    1.1694      0.1565      0.3399    0.460
cat_nivel2（等级2）                      1.8092      0.5929      0.2991    1.982
cat_nivelSR（等级SR）                    1.2244      0.2025      0.7557    0.268
                                     Pr(>|t|)  
(Intercept)                            0.0781 .
sexoM（男性）                           0.3726  
regiaoNORDESTE（东北部）                 0.1328  
regiaoNORTE（北部）                     0.0598 .
regiaoSUDESTE（东南部）                   0.2231  
regiaoSUL（南部）                       0.3155  
gde_areaCiências Biológicas（生物科学）    0.0540 .
gde_areaCiências da Saúde（健康科学）      0.1581  
gde_areaCiências Exatas e da Terra（精确与地球科学） 0.0963 .
gde_areaCiências Humanas（人文科学）       0.0396 *
gde_areaCiências Sociais Aplicadas（应用社会科学） 0.1325  
gde_areaEngenharias（工程学）             0.3127  
gde_areaLingüística, Letras e Artes（语言、文学与艺术） 0.8078  
gde_areaOutra（其他领域）                 0.2883  
cat_nivel1B（等级1B）                    0.3221  
cat_nivel1C（等级1C）                    0.5651  
cat_nivel1D（等级1D）                    0.6454  
cat_nivel2（等级2）                      0.0476 *
cat_nivelSR（等级SR）                    0.7888  
---
显著性代码:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

解决方案 #

glca包的协变量参考水平由数据中因子变量的默认参考水平决定，无需在glca函数内设置，直接在数据预处理阶段修改regiao的因子参考水平即可：

1. 基础R方法：用relevel()函数将SUDESTE设为参考水平

# 将regiao转换为因子（若尚未转换）
df$regiao <- as.factor(df$regiao)
# 修改参考水平为SUDESTE
df$regiao <- relevel(df$regiao, ref = "SUDESTE")

2. forcats包方法：更简洁的因子水平调整

library(forcats)
df$regiao <- fct_relevel(df$regiao, "SUDESTE")

修改完成后重新运行glca模型，系数表中regiao的参考水平就会变为SUDESTE，其他地区的系数将以SUDESTE为基准计算。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marcelo