R语言list.files函数路径通配符不生效问题求助

问题原因 #

list.files()的path参数仅支持传入具体的目录路径，无法识别路径中的*这类shell通配符。你代码里写的./Unzipped/",input_files[1],"/Variants/*/"会把*当作路径的一部分去查找，而不是用来匹配任意子目录，自然找不到对应文件，返回character(0)。

解决方法 #

方法1：先获取子目录再遍历找文件 #

先拿到Variants目录下的所有子目录，再逐个在这些子目录里查找.tsv文件：

# 获取Variants下的所有直接子目录
sub_dirs <- list.dirs(path = paste0("./Unzipped/", input_files[1], "/Variants"), recursive = FALSE)
# 遍历子目录，收集所有tsv文件
tsv_files <- unlist(lapply(sub_dirs, function(dir) {
  list.files(path = dir, pattern = "tsv$", full.names = TRUE)
}))

方法2：递归查找文件 #

直接在Variants目录下开启递归查找，自动遍历所有子目录找.tsv文件：

tsv_files <- list.files(
  path = paste0("./Unzipped/", input_files[1], "/Variants"),
  pattern = "tsv$",
  recursive = TRUE,
  full.names = TRUE
)

如果需要限定只找Variants下一级子目录里的文件，可以用正则过滤结果：

# 过滤路径，确保Variants后只有一级子目录
filtered_files <- tsv_files[grepl("./Unzipped/[^/]+/Variants/[^/]+/[^/]+\\.tsv$", tsv_files)]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2300940