如何解决VST转换后负值导致Bray-Curtis及PCoA分析报错问题

背景 #

• 现有一张包含58个样本、888个分类单元的OTU表，行对应OTU，列对应样本，示例代码如下：

Otus <- data.frame(S_1 = c(0, 0, 1), S_2 = c(12, 0, 5), S_3 = c(0, 5, 3), row.names = c("OTU_1", "OTU_2", "OTU_3"))

• 通过phyloseq_to_deseq2命令将phyloseq对象转换为DESeq2对象，再执行以下命令完成方差稳定转换（VST）标准化：

getVarianceStabilizedData(side_dds) # side_dds为DESeq2对象

• 计划基于标准化后的数据绘制样本PCoA图，计算Bray-Curtis距离时触发报错：

results may be meaningless because data have negative entries in method “bray”.

• 已查找相关讨论但未得到有效解答，另有观点不建议通过给数据添加常数的方式解决该问题。

补充建议（Bastian Schiffthaler） #

建议上传可复现的工作流程或数据。你遇到的错误源于Bray-Curtis相似度要求输入必须是严格正值，而VST转换会产生负值。可以使用assay(vsd) + min(assay(vsd))处理数据，因为此时数据已经是同方差且经过（伪）log2转换，这样操作本质上只是调整零偏移。注意不要将转换后的值与任何“现实意义”挂钩。考虑到你的数据存在零膨胀问题，也可以尝试用zinbwave包进行预处理，替代VST方法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者TorpCatBioInf