如何让modelbased包的estimate_contrasts遵循数据因子水平顺序？

要让estimate_contrasts()遵循数据中定义的因子水平顺序，只需在调用函数时添加sort = FALSE参数即可，具体操作如下：

• 先确认数据中的因子水平已按需求设定（以iris数据集为例）：

  # 重新指定Species的因子水平顺序
  iris$Species <- factor(iris$Species, levels = c("virginica", "versicolor", "setosa"))
  

• 拟合模型后，调用estimate_contrasts()时设置sort = FALSE：

  library(modelbased)
  
  # 拟合线性模型
  model <- lm(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
  
  # 保留原因子顺序的事后比较
  results <- estimate_contrasts(model, contrast = "Species", sort = FALSE)
  print(results)
  

sort是modelbased系列函数的通用参数，默认值为TRUE（会按字母顺序排序因子水平），将其设为FALSE就能强制函数遵循数据中预先定义的因子水平顺序，和emmeans的行为保持一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Juliette Tariel-Adam