寻求sort命令行工具的conda包及基础工具依赖解决方案

核心方案：用coreutils包替代系统工具 #

GNU coreutils包含你需要的sort（完全支持-k选项）、cat等所有基础Unix工具，conda-forge通道提供该包，直接使用就能解决依赖问题：

• 创建包含coreutils的conda环境配置文件（比如base_tools.yaml）：

name: base_tools
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - coreutils>=8.32

• 在Snakemake规则中指定该环境：

rule sort_data:
    input:
        "raw_data.txt"
    output:
        "sorted_data.txt"
    conda:
        "base_tools.yaml"
    shell:
        "sort -k 2,2 {input} > {output}"

这个包提供的sort是标准GNU版本，完全适配你的参数需求，同时cat是常规文件拼接工具，不会和bioconda的CAT工具混淆。

若需保留系统工具的解决方案 #

如果必须依赖/usr/bin下的系统sort和cat，可以通过以下方式满足Snakemake的conda配置要求：

• 在规则中显式设置conda: None，同时在shell命令里使用系统工具的绝对路径：

rule sort_data:
    input:
        "raw_data.txt"
    output:
        "sorted_data.txt"
    conda: None
    shell:
        "/usr/bin/sort -k 2,2 {input} > {output}"

• 或者创建空conda环境（仅保留最基础的依赖），既符合Snakemake的配置要求，又能让系统工具的PATH生效：

name: empty_env
channels:
  - defaults
dependencies: []

在规则中指定该空环境后，可通过绝对路径调用系统工具，避免conda环境的PATH干扰。

修复CAT工具误装的问题 #

直接卸载bioconda的CAT工具即可解决混淆问题：

mamba remove -n ATACCD cat

后续如果使用coreutils的cat则无需额外操作；若继续使用系统cat，可通过上述空环境或绝对路径的方式调用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hepcat72