如何修复R语言中‘recursive gc invocation’报错问题

报错信息 #

wrote 7.16kB in  0s, 106.80MB/s *** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation

我的代码 #

myfiles_full_names= list.files(path="/mypath", pattern="*.csv", full.names=TRUE)

myfiles_trend_name <- list.files(path="/mypath", pattern = "*.csv") |> stringr::str_remove(".csv")

df_list_2<-lapply(myfiles_full_names , function(x) read.csv(x, sep=","))

for (i in seq_along(df_list_2)) {
  readr::write_excel_csv(df_list_2[[i]], 
                         paste0("where I want to put the csv files/",names(df_list_2)[i] ,".csv"))
}

每个数据框包含三列：Date（POSIXct类型）、id（numeric类型）、Text（character类型）。

问题原因与解决方法 #

问题根源 #

df_list_2没有设置列表元素名称，导致names(df_list_2)[i]返回NULL，生成的文件名无效，触发了write_excel_csv的垃圾回收递归调用错误。

修复方案1：给列表元素命名 #

1. 为df_list_2赋予正确的名称：

   names(df_list_2) <- myfiles_trend_name
   

2. 确保输出路径存在（避免路径不存在的额外错误）：

   output_dir <- "where I want to put the csv files/"
   if (!dir.exists(output_dir)) dir.create(output_dir, recursive = TRUE)
   

3. 修改循环代码：

   for (i in seq_along(df_list_2)) {
     readr::write_excel_csv(df_list_2[[i]], 
                            paste0(output_dir, names(df_list_2)[i], ".csv"))
   }
   

修复方案2：直接使用已有的文件名列表 #

跳过列表命名步骤，直接用myfiles_trend_name指定文件名：

output_dir <- "where I want to put the csv files/"
if (!dir.exists(output_dir)) dir.create(output_dir, recursive = TRUE)

for (i in seq_along(df_list_2)) {
  readr::write_excel_csv(df_list_2[[i]], 
                         paste0(output_dir, myfiles_trend_name[i], ".csv"))
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LZL