R语言visNetwork网络图节点大小设置不生效问题求助

问题背景 #

我正在使用R编程语言，找到了一段可生成节点大小不同的网络图的代码：

library(visNetwork)
library(igraph)

my_data <- data.frame( "Col_C" = c("AAA", "AAA", "AAB", "AAB", "AAB", "ABC", "CDE", "CDE", "CDE", "AAB", "AAB", "AAE"), "Col_D" = c("AAB", "AAC", "AAC", "ABC", "CDE", "CDE", "AAB", "AAE", "ADF", "AAE", "ADF","ADF") )

final <- data.frame(col = unique(unlist(my_data)))

final$size = c(6,10,1,20,50,1,5) 

graph_B <- graph_from_data_frame(my_data, directed = FALSE, vertices = final)

visIgraph(graph_B)

（配图：节点大小存在明显差异的网络图）

我尝试将此逻辑应用到以下代码中修改节点大小，但运行后节点大小并未改变：

library(tidyverse)
library(visNetwork)
library(htmlwidgets)

set.seed(123)
mat <- matrix(runif(5*5), nrow = 5, ncol = 5)
mat <- round(mat, 2)

nodes <- data.frame(id = 1:5)
edges <- data.frame(from = sample(1:5, 100, replace = TRUE), to = sample(1:5, 100, replace = TRUE))

nodes$shape <- 'circle'
nodes$size <- sample(1:10, 5, replace = TRUE) # 为节点分配随机大小
edges$weight <- apply(edges, 1, function(x) mat[x["from"], x["to"]])
edges$label <- as.character(apply(edges, 1, function(x) mat[x["from"], x["to"]]))

nodes$label <- paste("Node", 1:5)

nodes$size <- sample(1:10, 5, replace = TRUE)
nodes$value <- nodes$size


network <- visNetwork(nodes, edges) %>%
    visEdges(arrows = list(to = list(enabled = TRUE))) %>%
    visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle")

network

（配图：所有节点大小一致的网络图）

请问我哪里出错了？该如何修复？

问题原因 #

你使用的visIgraphLayout()函数会覆盖nodes数据框中手动设置的size参数，转而采用igraph布局默认的节点大小逻辑，导致自定义的节点大小无法生效。

第一段代码中，你先通过igraph创建图对象，再用visIgraph()直接转换，这个过程会完整保留igraph顶点的size属性；但第二段代码是先构建visNetwork的nodes/edges结构，再应用igraph布局，此时visIgraphLayout()会重置节点大小配置。

修复方案 #

有两种可行的修复方式：

方式一：使用visNetwork原生布局替代igraph布局 #

如果不需要依赖igraph的布局算法，直接用visNetwork自带的圆形布局即可，此时节点大小会正常生效：

network <- visNetwork(nodes, edges) %>%
    visEdges(arrows = list(to = list(enabled = TRUE))) %>%
    visLayout(layout = "circular") # 替换为visNetwork原生圆形布局

network

方式二：对齐第一段代码逻辑，先创建igraph对象再转换 #

按照第一段代码的思路，先将nodes和edges转换为igraph对象，确保节点大小属性被保留，再用visIgraph()转换并指定布局：

# 将nodes和edges转换为igraph有向图对象
graph_obj <- graph_from_data_frame(edges, directed = TRUE, vertices = nodes)

# 使用visIgraph转换并设置布局
network <- visIgraph(graph_obj, layout = "layout_in_circle") %>%
    visEdges(arrows = list(to = list(enabled = TRUE)))

network

两种方式都能让你设置的size参数正常显示节点大小差异。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者stats_noob