如何在Nextflow中使用publishDir将不同输出发布至指定路径？

问题描述 #

现有Nextflow流程代码片段如下：

process A {
...
output:
path("*linkedfrag"), emit: lf
path("*hapblock"), emit: hb

publishDir ???
...
}

需求：将输出lf发布至${params.outdir}/lf/路径下，将输出hb发布至${params.outdir}/hb/路径下，且不想修改lf的输出路径为"lf/*linkedfrag"这类形式。

解决方案 #

完全可以实现，无需修改原输出路径的匹配规则，只需为每个输出单独配置行内publishDir即可：

修改后的代码示例：

process A {
...
output:
path("*linkedfrag"), emit: lf, publishDir: "${params.outdir}/lf"
path("*hapblock"), emit: hb, publishDir: "${params.outdir}/hb"
...
}

通过这种方式，两个输出产物会被分别发布到指定的独立目录中，完全满足需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Calli