R包inst目录复杂文件结构问题：R CMD CHECK误删非空目录

核心原因 #

R CMD CHECK在临时构建包的过程中，若无法检测到目录内存在被有效引用的文件，会误将实际非空的嵌套目录判定为空并删除，导致后续代码加载失败。

解决方案 #

1. 修正文件路径引用（根本解决） #

不要直接使用本地相对路径（如file.path("inst", "lexicons", "com", ...)），改用R包标准的system.file()函数获取安装后文件的正确路径，确保包在构建、检查、安装全流程中都能准确定位文件：

load_schema <- function(schema_name) {
  schema_path <- system.file("lexicons", "com", paste0(schema_name, ".json"), package = "blueRsky")
  if (schema_path == "") {
    stop("目标Schema文件未找到")
  }
  jsonlite::read_json(schema_path)
}

修正后，R CMD CHECK能检测到目录内的文件被实际调用，不会误判目录为空。

2. 添加占位文件（兜底方案） #

如果路径修正后仍存在问题，可在inst/lexicons/com目录下添加一个空的占位文件（比如命名为.keep）。这个空文件会让R明确识别到目录非空，避免被判定为无用目录删除。注意不要用.gitkeep，R构建工具默认会忽略Git相关隐藏文件。

3. 调整检查参数（临时应急） #

运行R CMD CHECK时添加--no-clean参数，阻止检查过程清理临时构建目录：

R CMD CHECK --no-clean blueRsky

此方法仅作为临时应急手段，无法从根本上解决包的路径逻辑问题，不推荐长期使用。

其他排查方向 #

• 检查DESCRIPTION文件的LazyData设置，若设为false可能影响非R格式数据文件的加载，可尝试改为LazyData: true。
• 确认所有JSON lexicon文件未被.Rbuildignore或.Rinstignore规则排除，确保它们能被正常包含到构建的包中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者crf