如何向期望文件输入的函数直接传递对象？

我经常碰到这种情况：想给导入的函数传对象，但该函数只接受文件作为输入。现在的做法是先把对象写入文件，再传文件路径给函数，不仅要事后删除临时文件，还打断了管道工作流。想跳过写文件这一步，直接传递对象。

比如ggmsa::readSSfile()能把点和括号组成的字符串转换成ggmsa::gghelix()可解析的列表，现有代码如下：

structure <- "..(.((((...)))).....((..))....)."
write(structure, file = "/user/data/structure.txt")
data <- ggmsa::readSSfile(file = "/user/data/structure.txt", type = "Vienna")
file.remove("/user/data/structure.txt")
ggmsa::gghelix(data)

有没有办法用类似read_file(file = pseudo_write(object))的写法“骗过”函数？

在R中，有两种高效的方法可以绕开物理文件的读写，直接传递对象：

1. 内存连接（推荐） #

利用textConnection()将字符串转换为内存中的文件连接对象，这类对象可以直接传给接受文件路径的函数（只要函数内部兼容连接输入）。针对你的场景，代码可以简化为：

structure <- "..(.((((...)))).....((..))....)."
# 创建内存连接并传入函数
data <- structure |> textConnection() |> ggmsa::readSSfile(type = "Vienna")
# 关闭所有未释放的连接（可选，避免资源占用）
closeAllConnections()
ggmsa::gghelix(data)

这种方式完全在内存中操作，不会生成任何物理文件，也不会打断管道工作流。

2. 自动清理的临时文件 #

如果函数不支持连接对象，可以用tempfile()生成系统临时文件——这类文件会在R会话结束后自动被系统清理，无需手动删除：

structure <- "..(.((((...)))).....((..))....)."
# 创建临时文件路径
temp_path <- tempfile(fileext = ".txt")
write(structure, file = temp_path)
data <- ggmsa::readSSfile(file = temp_path, type = "Vienna")
# 无需手动删除temp_path，会话结束自动清理
ggmsa::gghelix(data)

适配性说明 #

查看ggmsa::readSSfile()的文档可知，它的file参数支持连接对象，因此第一种内存连接的方法是最优解，完全满足你的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者acvill