Nextflow中如何展平元组第二个元素并拆分通道给fqcheck进程

直接用flatMap操作替代flatten()，它能让你自定义处理每个元组元素，保留ID的同时单独拆分每个fastq文件：

filter (ch_splitfq)
.set {ch_fq}    // tuple: val(id), path(sample.clean_*.fq.gz)

ch_fq.flatMap { id, fq_files ->
    fq_files.collect { file -> tuple(id, file) }
}
.set {ch_fq_per_file}

fqcheck (ch_fq_per_file)
.collect()
.set {ch_fqcheck}

说明 #

• flatMap会遍历ch_fq中的每个元组（比如sample1和对应的两个fastq文件列表）
• 在闭包里，我们把每个fastq文件单独和原ID组成新的tuple，再通过collect把这些新元组整理成列表
• 最终ch_fq_per_file的结构就是你需要的：tuple(val(sample1), path(sample1.clean_1.fq.gz))和tuple(val(sample1), path(sample1.clean_2.fq.gz))，可以直接传给fqcheck进程

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Calli