Ubuntu 20.04下RStudio Server如何限制OpenBLAS线程数？

背景 #

我们运行Ubuntu 20.04系统搭配开源版RStudio Server，采用OpenBLAS处理线性代数运算。由于用户对并行机制不了解导致核心超配，希望将低线程数设为所有用户的默认值，但尝试以下方法均未生效：

• 在.profile和.bashrc中设置export OPENBLAS_NUM_THREADS=4
• 通过/etc/environment、/etc/rstudio/env-vars配置环境变量
• 使用systemctl edit rstudio-server.service修改服务配置

以下是几种未尝试过的有效途径：

方法1：使用专门的R包控制线程数 #

有一款名为openblasctl的R包，专门用于管理OpenBLAS的线程数量，可在用户R会话启动时自动应用限制：

1. 以root身份运行R，系统级安装该包：

   install.packages("openblasctl")
   

2. 编辑全局R配置文件/etc/R/Rprofile.site，添加以下代码，默认将线程数设为4：

   if (requireNamespace("openblasctl", quietly = TRUE)) {
     openblasctl::openblas_set_num_threads(4)
   }
   

   所有用户启动R会话时，都会自动加载并应用该线程限制。

方法2：通过PAM会话注入环境变量 #

RStudio Server通过PAM启动用户会话，可利用PAM机制全局注入OpenBLAS的线程数环境变量：

1. 编辑/etc/pam.d/rstudio配置文件，添加一行：

   session    required     pam_env.so envfile=/etc/rstudio/openblas-env
   

2. 创建/etc/rstudio/openblas-env文件，写入：

   OPENBLAS_NUM_THREADS=4
   

3. 重启RStudio Server使配置生效：

   sudo systemctl restart rstudio-server
   

   该方式优先级高于用户个人的bash配置，确保每个用户登录时都会加载指定的线程数限制。

方法3：通过LD_PRELOAD强制设置线程数 #

编写轻量级共享库，在进程启动时自动设置OpenBLAS线程数，再通过LD_PRELOAD强制所有RStudio进程加载：

1. 创建C语言代码文件set_openblas_threads.c：

   #include <openblas/cblas.h>
   
   void __attribute__((constructor)) set_threads() {
     openblas_set_num_threads(4);
   }
   

2. 编译为共享库：

   gcc -shared -fPIC -o /usr/local/lib/libopenblas_threads.so set_openblas_threads.c -lopenblas
   

3. 修改RStudio Server的服务配置：
   运行systemctl edit rstudio-server.service，在打开的编辑器中添加：

   [Service]
   Environment="LD_PRELOAD=/usr/local/lib/libopenblas_threads.so"
   

4. 重载服务配置并重启：

   sudo systemctl daemon-reload && sudo systemctl restart rstudio-server
   

   这种方式会强制所有由RStudio启动的进程自动应用线程数限制，不受用户个人配置影响。

方法4：修改OpenBLAS系统级配置 #

如果系统通过包管理器安装OpenBLAS，可尝试修改其系统级配置文件：

1. 查找OpenBLAS的配置目录（若存在对应命令）：

   openblas-config --configdir
   

2. 在该目录下创建或修改openblas.conf文件，添加：

   NUM_THREADS=4
   

   若找不到上述目录，可直接尝试创建/etc/openblas.conf并写入上述内容。
   注意：部分版本的OpenBLAS可能不支持该配置方式，需测试验证生效情况。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gdkrmr