Nextflow中如何使用正则表达式过滤Path类型通道？

针对字符串类型的通道，以下代码可以正常运行：

Channel
.of('test1.fastq', 'test2.fastq', 'test1.bam', 'test2.bam')
.filter( ~/.*bam|.*1.fastq/ )
.view()

但同样的正则过滤方式对Path类型的通道无效，比如下面的代码无法正常工作：

Channel
.fromPath( params.inputs )
.filter( ~/.*bam|.*1.fastq/ )
.view()

请问有没有方法让正则过滤适用于Path类型的通道？

解决方案 #

fromPath生成的通道元素是Path对象，不是字符串，直接用正则匹配会失败，你可以用以下两种方法解决：

方法1：匹配文件名 #

提取Path对象的文件名（忽略路径前缀）进行正则匹配，适合只需要筛选文件名的场景：

Channel
.fromPath( params.inputs )
.filter { path -> path.getFileName().toString() ==~ /.*bam|.*1.fastq/ }
.view()

方法2：匹配完整路径 #

将Path对象转为完整路径字符串后再匹配，适合需要基于完整路径筛选的场景：

Channel
.fromPath( params.inputs )
.filter { path -> path.toString() ==~ /.*bam|.*1.fastq/ }
.view()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者aerijman