Linux Mint下R包安装依赖缺失及R base更新失败求助

你在Linux Mint 20.3上用RStudio 20.3.0搭配R 3.6.3时遇到的核心问题：

• 安装tidyverse、rstatix这类包时，因R版本过旧，emmeans、pbkrtest等新依赖包不支持3.6.3版本，直接提示package ‘xxx’ is not available (for R version 3.6.3)
• 尝试通过apt更新R时，出现依赖损坏问题：r-base要求依赖r-recommended (=3.6.3-2)但无法安装，安装r-recommended又陷入依赖循环，完全无法推进

1. 彻底清理旧版R及损坏依赖 #

先解决系统层面的依赖损坏问题，否则后续操作都会受阻：

# 清理缓存与损坏包
sudo apt clean
sudo apt autoclean
sudo apt --fix-broken install

# 彻底卸载所有旧版R相关组件
sudo apt purge r-base r-base-core r-recommended r-base-dev
sudo apt autoremove

2. 添加CRAN官方源安装适配Mint 20.3的新版R #

Linux Mint 20.3基于Ubuntu 20.04（Focal），需添加对应版本的CRAN源才能获取新版R：

# 导入CRAN的GPG验证密钥
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

# 添加适配Ubuntu 20.04的CRAN源
echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/cran.list

# 更新源列表并安装新版R
sudo apt update
sudo apt install r-base r-base-core r-recommended r-base-dev

3. 修复RStudio的CRAN仓库提示问题 #

碰到“CRAN repositories modified outside package preferences”提示时，直接在RStudio内重新配置：

• 点击顶部菜单栏 Tools -> Global Options -> Packages
• 点击Change按钮，选择一个稳定的CRAN镜像（如国内的清华、中科大镜像），保存设置即可

4. 重新安装所需R包 #

新版R安装完成后，在RStudio控制台执行以下命令重新安装包：

install.packages("tidyverse", dependencies = TRUE)
install.packages("rstatix", dependencies = TRUE)

如果仍有安装失败的情况，先安装系统层面的依赖库：

sudo apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kdur