使用dplyr按多列分组计算均值仅返回单一结果，求问题原因

你得到单一整体均值的核心原因是函数冲突——如果你的R环境中同时加载了plyr包，summarise会默认调用plyr的版本，而非dplyr的，导致分组逻辑完全失效。此外，原始数据本身并不包含所有6种因子组合，即使分组生效，默认也只会显示有观测的组。

分步解决 #

1. 强制使用dplyr的分组汇总函数
   明确指定dplyr::summarise，避免和plyr的函数冲突：

   df %>% 
     group_by(group1, group2) %>%                     
     dplyr::summarise(mean_pop = mean(pop))
   

   或者先卸载plyr再重新加载dplyr：

   detach("package:plyr", unload=TRUE)
   library(dplyr)
   

2. 显示所有6种因子组合
   原始数据中不存在group1=TRUE+group2=3、group1=FALSE+group2=1这两组观测，要保留所有因子组合（无观测的组均值显示为NA），需在group_by中添加.drop=FALSE参数：

   df %>% 
     group_by(group1, group2, .drop = FALSE) %>%                     
     dplyr::summarise(mean_pop = mean(pop, na.rm = TRUE))
   

   如果需要把NA替换为0或其他值，可追加mutate操作：

   df %>% 
     group_by(group1, group2, .drop = FALSE) %>%                     
     dplyr::summarise(mean_pop = mean(pop, na.rm = TRUE)) %>%
     mutate(mean_pop = replace_na(mean_pop, 0))
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者KT_1