R语言中无法对PDB转换的DataFrame使用select()函数的问题

首先，你遇到的错误不是PDB文件的特性导致，纯粹是tidyverse函数的用法搞错了：

• select()函数的作用是选择数据框的列，而你要筛选chain == "B"的行，应该用filter()；
• 用管道符%>%时，不需要在列名前加atom$，直接写列名即可。

正确的筛选代码应该是：

pb1_atom <- atom %>% 
  filter(chain == "B")

关于DataFrame转换的问题：
完全可以把pdb$atom转为标准DataFrame修改后再转回bio3d的pdb对象。as.data.frame(pdb$atom)得到的就是普通的R DataFrame，你可以像处理其他DataFrame一样修改值（比如调整原子坐标、替换残基标识等），修改完成后直接把DataFrame赋值回pdb$atom即可，之后还能正常使用bio3d的函数做后续操作。

举个修改后转回的示例：

# 给B链所有原子的x坐标加1
pb1_atom_modified <- pb1_atom %>% 
  mutate(x = x + 1)

# 把修改后的DataFrame放回pdb对象
pdb$atom <- pb1_atom_modified

# 保存修改后的PDB文件
write.pdb(pdb, file = "modified_7nhx.pdb")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Emily