igraph树状图未按聚类排列顶点问题咨询

我用R的igraph做聚类分析，同时绘制网络图和树状图展示结果。大部分数据的两种图结果匹配，但某组数据的树状图虽然按聚类给顶点着了色，却没把同类顶点放在一起，反而几乎是按字母顺序排列的。不确定这是显示特性问题还是聚类本身出了异常，通用代码如下：

s <- graph.data.frame(s_edges, vertices = nodes_use, directed=FALSE)
sc <- leading.eigenvector.community(s)
V(s)$community <- membership(sc)
s_sub1 <- delete_vertices(s, V(s)[community != 1])
sc1 <- leading.eigenvector.community(s_sub1)
plot(s_sub1, mark.groups = communities(sc1), layout = layout_with_lgl)
dendPlot(sc1)

• 先确认聚类结果是否正确
  直接输出membership(sc1)查看每个顶点的聚类归属，和树状图的着色对应比对。如果归属是正确的，那就是树状图的显示排序问题，而非聚类算法异常。

• 手动调整树状图的排序逻辑
  dendPlot()默认排序不一定按聚类分组，你可以自行指定排序规则，先按聚类分组，组内再按需排序：

  # 提取聚类成员和顶点名称
  mem <- membership(sc1)
  v_names <- V(s_sub1)$name
  # 先按聚类分组，组内按名称排序（可替换为其他规则）
  sorted_idx <- order(mem, v_names)
  # 转成树状图对象并重新排序
  dend_obj <- as.dendrogram(sc1)
  dend_obj <- reorder(dend_obj, sorted_idx)
  # 绘制调整后的树状图，颜色对应聚类
  plot(dend_obj, col = mem[sorted_idx])
  

• 调整dendPlot的参数
  尝试给dendPlot()添加参数，比如mode="hclust"或者use.modularity=FALSE，部分场景下能改变树状图的排序逻辑：

  dendPlot(sc1, mode = "hclust")
  

• 对比网络图验证
  查看plot(s_sub1)里的标记组是否和membership(sc1)一致，如果网络图的分组是正确的，那百分百是树状图的显示排序问题，聚类本身没问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者PSR