为何f2py封装的dgemm小矩阵运算性能远低于numpy-einsum?
f2py封装dgemm小维度矩阵性能异常排查
我尝试用f2py封装Fortran中的dgemm函数,对比其与numpy-einsum的运算耗时,发现小维度矩阵下dgemm运算速度比numpy-einsum慢10倍左右(计时逻辑内置在Fortran代码中)。按常理纯Fortran实现的dgemm应该更快,对此差异我感到疑惑——毕竟numpy基于C封装,numpy和f2py理论上都会存在编译型语言的调用开销。
验证实验结果
- 矩阵维度增大后性能反转:当
n=1000时,dgemm运算速度远超numpy-einsum; - 将Fortran代码中的
dgemm替换为matmul后,小维度矩阵运算速度大幅提升; - 纯Fortran环境下调用
dgemm的小矩阵运算耗时远低于f2py封装后的情况; - 多次调用f2py封装的
dgemm时,首次调用耗时远高于后续调用,scipy.linalg.blas.dgemm也存在类似首次调用开销; - 移除Fortran中的计时逻辑并使用显式维度后,性能表现恢复正常。
所有实验的运算结果均通过numpy.allclose验证一致。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Chungji
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