在R 4.2.2版本中安装bedtools/bedtoolsr包失败，如何强制安装？

先理清前提 #

bedtools本身不是CRAN发布的R包，它是独立的基因组分析命令行工具，直接用install.packages("bedtools")肯定无法安装。bedtoolsr是调用bedtools的R包装器，安装失败通常是版本兼容问题，下面是可行的解决办法：

1. 先安装独立的bedtools工具 #

要使用bedtoolsr，必须先在系统里装好bedtools：

• Linux：用系统包管理器，比如Debian/Ubuntu执行sudo apt-get install bedtools，CentOS执行sudo yum install bedtools
• macOS：通过Homebrew安装，执行brew install bedtools
• Windows：下载预编译二进制包，解压后将其路径添加到系统环境变量

2. 安装适配R 4.2.2的bedtoolsr版本 #

如果CRAN版本无法安装，试试这些方法：

• 安装GitHub开发版：先装devtools工具包，再从源码安装bedtoolsr

  install.packages("devtools")
  devtools::install_github("aroneklund/bedtoolsr")
  

• 安装归档版旧包：找适配R 4.2.x的bedtoolsr旧版本，下载tar.gz文件后本地安装（替换路径和版本号）

  install.packages("~/Downloads/bedtoolsr_0.9.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
  

3. 替代方案：用CRAN维护的同类R包 #

如果bedtoolsr还是装不上，可以用这些功能相近且兼容R 4.2.2的包：

• rtracklayer：支持BED文件读写与基础操作
• GenomicRanges：基因组区间核心操作工具，覆盖bedtools多数基础功能
• plyranges：语法更直观的基因组区间操作包

注意：不要强制安装不兼容的包，大概率会导致R环境报错甚至崩溃，优先选择适配当前R版本的安装方式

内容的提问来源于stack exchange，提问作者erman