Bash新手求助：如何批量对文件夹内fq文件执行BBMap reformat.sh命令

数据老陈

2026-7-22

批量执行BBMap reformat.sh处理双端测序文件的正确Bash写法

原命令的问题

你原来的循环会遍历目标文件夹下的所有文件，导致$samples被赋值为每个完整文件名（比如XY1.1.fq），拼接后会生成错误的输入路径（比如XY1.1.fq.1.fq），完全不符合需求。

正确写法（通用版）

直接遍历所有.1.fq结尾的文件，提取样本前缀后匹配对应的.2.fq文件，自动生成符合要求的输出文件名：

# 先切换到目标目录，简化路径书写
cd ~/work/RADseq/Pool1_process_radtags/

# 遍历所有以.1.fq结尾的文件
for read1 in *.1.fq; do
    # 提取样本名（去掉.1.fq后缀）
    sample=$(basename "$read1" .1.fq)
    # 构造对应的read2文件路径
    read2="${sample}.2.fq"
    # 构造输出文件名，匹配示例格式
    out1="${sample}.1-reform.fq"
    out2="${sample}.2-reform.fq"
    
    # 执行BBMap的reformat.sh命令
    /usr/local/bioinfo/src/BBMap/bbmap_38.95/reformat.sh in="$read1" in2="$read2" out="$out1" out2="$out2" addslash=true
done

固定样本名单的写法（适合已知所有样本名的场景）

如果已经明确知道所有样本前缀，也可以直接遍历样本名列表：

cd ~/work/RADseq/Pool1_process_radtags/
for sample in XY1 XY2 XY15 XY18; do
    /usr/local/bioinfo/src/BBMap/bbmap_38.95/reformat.sh in="${sample}.1.fq" in2="${sample}.2.fq" out="${sample}.1-reform.fq" out2="${sample}.2-reform.fq" addslash=true
done