如何在不重跑整个Snakemake流程的情况下运行其中一部分？

1. 绕开--rule的通配符限制 #

不要用--rule指定带通配符的规则，直接指定你要生成的具体输出文件路径，Snakemake会自动解析对应的规则和依赖链，只运行生成该文件所需的步骤：

snakemake results/sample1/your_target_output.txt

2. 解决“文件已存在但未正确生成”的问题 #

如果目标文件被Snakemake标记为已完成，但实际内容错误，不用删除全部输入文件，试试这几种方法：

• 强制重新生成单个目标文件：用--force参数直接强制覆盖并重新生成指定文件：

  snakemake --force results/sample1/your_target_output.txt
  

• 强制重新生成某条规则的所有输出：如果要测试的规则有多个通配符实例，用--forcerule指定规则名，强制运行该规则的所有实例：

  snakemake --forcerule your_rule_name
  

• 手动删除错误文件：只删除你要重新生成的错误输出文件，再运行指定目标的命令，Snakemake会自动重新构建：

  rm results/sample1/your_target_output.txt
  snakemake results/sample1/your_target_output.txt
  

3. --allowed-rules的正确用法 #

--allowed-rules是限制流程只能使用指定规则，但如果目标文件已被标记为完成，Snakemake不会主动重新运行。可以结合--forcerule一起使用，强制在允许的规则范围内重新生成目标：

snakemake --allowed-rules your_rule_name --forcerule your_rule_name

内容的提问来源于stack exchange，提问作者dgode19