使用ggcorr包时含特殊字符的列标签无法正确显示的解决方法
问题:ggcorr绘图时带特殊字符的列名被错误替换,无法原样显示
使用ggcorr包绘制相关矩阵时,数据框列标签包含e'、E/e'这类特殊字符,运行默认代码后,图表里的变量标签被自动替换成e.、E.e.,没法原样显示原始列名。尝试自定义aes映射的方式没成功,求正确实现列名原样显示的方法。
数据框内容
| SAPS | e' | E/e' |
|---|---|---|
| 11 | 11,9 | 5,0 |
| 14 | 6,2 | 11,1 |
| 14 | 7,4 | 8,2 |
| 15 | 7,5 | 6,8 |
| 14 | 11,1 | 7,8 |
| 13 | 6,6 | 10,5 |
| 14 | 10,2 | 6,0 |
| 13 | 7,1 | 9,1 |
| 12 | 10,0 | 6,1 |
| 15 | 10,8 | 4,9 |
默认代码
ggcorr(ex_db, nbreaks = 4, label = TRUE, label_size = 3, method = c("pairwise", "spearman"))
尝试的失败代码
ggcorr(ex_db, aes(x, y=c('SAPS', 'e'', 'E/e'')), method = c("pairwise", "spearman")) + geom_point()
解决方法
ggcorr内部默认会调用make.names()函数处理列名,把特殊字符转换为合法的R变量名,这就是列名被修改的原因。可以用以下两种方式解决:
方法1:手动指定坐标轴标签,覆盖默认处理
直接在绘图后添加坐标轴刻度标签的映射,用原始列名替换被修改后的标签:
# 先处理数据:把逗号替换为点,转换为数值型(否则相关系数计算会出错) ex_db[, -1] <- lapply(ex_db[, -1], function(x) as.numeric(gsub(",", ".", x))) # 绘图并指定自定义标签 ggcorr(ex_db, nbreaks = 4, label = TRUE, label_size = 3, method = c("pairwise", "spearman")) + scale_x_discrete(labels = colnames(ex_db)) + scale_y_discrete(labels = colnames(ex_db))
方法2:提前计算相关矩阵,手动构建ggplot
如果需要更灵活的控制,可以先计算相关系数矩阵,再用ggplot直接绘制,完全自定义标签:
# 计算Spearman相关系数矩阵 cor_matrix <- cor(ex_db, method = "spearman", use = "pairwise.complete.obs") # 转换为长格式数据 cor_long <- reshape2::melt(cor_matrix) # 绘制相关矩阵 ggplot(cor_long, aes(x = Var1, y = Var2, fill = value)) + geom_tile(color = "white") + geom_text(aes(label = round(value, 2)), size = 3) + scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0, limits = c(-1, 1)) + scale_x_discrete(labels = colnames(ex_db)) + scale_y_discrete(labels = colnames(ex_db)) + theme_minimal() + coord_equal()
内容的提问来源于stack exchange,提问作者glaucon
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