Shiny.io部署报错：pandoc文档转换失败（错误码99）求助

本地运行正常的Shiny应用，部署到shiny.io后生成HTML报告时出现报错：Error in : pandoc document conversion failed with error 99，应用对应的Rmarkdown代码如下：

---
title: "ROC分析报告"
output: 
  html_document:
    css: styles.css
    toc: true
    toc_float: true
    number_sections: false
    theme: lumen
    highlight: textmate
    class: 'center'
params:
  roc_plot: NA
  roc_table: NA
  chatgpt_interpretation: NA
  chatgpt_interpretationPL: NA
  sales_text: NA
  cl_dist_plot: NA
  cht_int_cls: NA
  pred_dist_plot: NA
  cht_pred_cls: NA
  combined_placeholder: NA
  chatgpt_int: NA
  int_text: NA
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(ggplot2)
library(grid)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(htmltools)

1. 引言 #

htmlEscape(params$chatgpt_int)

2. 结果 #

htmlEscape(params$sales_text)

注：调用scispace API后，本引言部分将得到补充。

数据质量检查 #

if (inherits(params$pred_dist_plot, "ggplot")) {
  print(params$pred_dist_plot)
} else {
  knitr::include_graphics(params$pred_dist_plot)
}

htmlEscape(params$cht_pred_cls)

if (inherits(params$cl_dist_plot, "ggplot")) {
  print(params$cl_dist_plot)
} else {
  knitr::include_graphics(params$cl_dist_plot)
}

htmlEscape(params$cht_int_cls)

ROC曲线 #

if (inherits(params$roc_plot, "ggplot")) {
  print(params$roc_plot)
} else {
  knitr::include_graphics(params$roc_plot)
}

htmlEscape(params$chatgpt_interpretationPL)

性能指标 #

if (!is.null(params$roc_table)) {
  knitr::kable(params$roc_table, caption = "表1：ROC分析的性能指标。", format = "html") %>%
    kable_styling()
}

htmlEscape(params$chatgpt_interpretation)

3. 结论 #

htmlEscape(params$combined_placeholder)

# 解决方案
针对pandoc错误99，可按以下步骤排查修复：
- **对齐依赖版本**：本地和shiny.io的R包版本差异可能引发问题，使用`renv`锁定`knitr`、`rmarkdown`、`kableExtra`等核心包的版本后重新部署，或在应用中添加`sessionInfo()`输出对比环境差异。
- **修复CSS文件问题**：若外部`styles.css`未正确上传，改用`includeCSS()`将样式嵌入Rmarkdown，避免路径依赖：
  ```r
  # 在setup代码块中添加
  includeCSS("styles.css")

或直接将CSS内容写在Rmarkdown的<style>标签中。

• 处理特殊文本内容：所有传入Rmarkdown的文本参数需用htmltools::htmlEscape()转义，避免特殊字符、HTML标签干扰pandoc转换。
• 验证绘图对象有效性：优先传递ggplot对象，若使用基础绘图，需在Shiny中提前将绘图保存为临时文件（如png），再将文件路径传入参数，在Rmarkdown中用include_graphics()读取。
• 简化输出配置：暂时移除YAML中class: 'center'等非必需配置，排查是否为pandoc不兼容的选项导致报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Melih Aras