如何在Windows系统的R中批量解压不同文件夹下的.gz文件

方法一：使用R.utils包（推荐，无需依赖系统环境） #

这个包的gunzip函数专门处理.gz格式文件，支持一键解压并删除原压缩包，操作稳定可靠。

# 首次运行需安装包
install.packages("R.utils")

# 加载工具包
library(R.utils)

# 设置根文件夹路径（替换为你的Folder1实际路径，比如"C:/Data/Folder1"）
root_dir <- "C:/Your/Path/To/Folder1"

# 递归查找所有子文件夹中的.gz文件，获取完整路径
gz_files <- list.files(
  path = root_dir,
  pattern = "\\.gz$",  # 精准匹配.gz结尾的文件
  recursive = TRUE,
  full.names = TRUE
)

# 遍历处理每个.gz文件
for (file in gz_files) {
  # 解压到原文件夹，自动去掉.gz后缀，解压后删除原压缩包
  gunzip(
    filename = file,
    destname = sub("\\.gz$", "", file),
    overwrite = TRUE,  # 允许覆盖已存在的同名解压文件，可根据需求改为FALSE
    remove = TRUE
  )
  # 可选：打印处理进度
  cat("已完成：", file, "\n")
}

方法二：调用Windows系统命令（需额外配置） #

如果你的Windows环境已安装gzip工具（比如Git Bash、7-Zip并添加到系统环境变量），可以直接调用系统命令：

root_dir <- "C:/Your/Path/To/Folder1"
gz_files <- list.files(root_dir, pattern = "\\.gz$", recursive = TRUE, full.names = TRUE)

for (file in gz_files) {
  # -d参数表示解压，执行后自动删除原.gz文件
  system(paste0('gzip -d "', file, '"'))
  cat("已完成：", file, "\n")
}

关键说明 #

• list.files(recursive=TRUE)会遍历根目录下所有子文件夹，确保不会遗漏任何.gz文件
• 两种方法都会将解压后的文件保留在原.gz文件所在的子文件夹中，完全符合需求

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alexia k Boston