RStudio加载edgeR因libgfortran.5.dylib失败，但Base R可正常运行

问题概述 #

已通过BiocManager::install("edgeR")成功安装edgeR包，但在RStudio中执行library(edgeR)时，出现libgfortran.5.dylib缺失错误，提示找不到/opt/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.0/12.2.0/libgfortran.5.dylib；但在Mac终端或RStudio内置终端启动R后，可正常加载并使用edgeR。

当前环境：

• macOS Ventura 13.3.1（arm64架构）
• R 4.3.0（arm64）
• 通过arm64版Homebrew安装gcc/gfortran，已配置~/.R/Makevars：

CC=gcc-13
CXX=g++-13
FLIBS   =-L/usr/local/gfortran/lib
F77     = /usr/local/gfortran/bin/gfortran
FC      = /usr/local/gfortran/bin/gfortran

解决方案 #

方案1：重新编译edgeR包（推荐）

edgeR当前的二进制包链接的是/opt/gfortran路径下的库，但你的gfortran安装在/usr/local/gfortran，所以需要从源码重新编译安装：

1. 卸载现有edgeR包：

remove.packages("edgeR")

2. 确保~/.R/Makevars配置正确（保持你现有的内容即可）；
3. 在RStudio中执行源码安装：

BiocManager::install("edgeR", type = "source")

安装完成后再尝试library(edgeR)。

方案2：手动添加gfortran库路径到RStudio环境

如果重新编译无效，可临时或永久添加库路径：

• 临时生效：在RStudio控制台执行：

Sys.setenv(DYLD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/gfortran/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH")
library(edgeR)

• 永久生效：编辑~/.Renviron文件（若不存在则新建），添加一行：

DYLD_LIBRARY_PATH="/usr/local/gfortran/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH"

保存后重启RStudio即可。

方案3：确认RStudio使用的R版本

检查RStudio与终端使用的R版本是否一致：

• RStudio中执行：R.home()
• 终端R中执行：R.home()
  若路径不同，在RStudio的Tools -> Global Options -> General中选择终端对应的arm64版R。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Said