如何批量将.hic文件转换为.mcool格式并修正输出文件名？

修正后的批量转换代码如下：

for id in *.hic; 
do hic2cool convert "$id" "${id%.hic}.mcool"; 
done

问题原因与修正说明 #

• 原代码中的${id%.}写法无法正确移除.hic后缀：该语法的作用是匹配并移除文件名末尾最短的以单个点结尾的后缀，但.hic结尾的文件名末尾没有单独的点，因此原文件名的.hic会被完整保留，最终输出abc.hic.mcool。
• 修正后的${id%.hic}是Bash参数扩展的正确用法：它会精准匹配并移除文件名末尾的.hic后缀，将abc.hic处理为abc，再拼接.mcool就得到了目标文件名abc.mcool。
• 给变量$id添加双引号"$id"是为了避免文件名包含空格或特殊字符时出现执行错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anon