能否通过主通配符关联次级通配符并合并Snakemake规则？

当然可以合并成一个规则，用字典关联主通配符与次级取值列表的方案完全可行，具体实现如下：

步骤1：重构变量定义为字典 #

把分散的次级取值列表整合到字典中，清晰对应主选项和其取值：

opt_vals_map = {
    'opt1': [0.1, 0.2],
    'opt2': [0.01, 0.02]
}

步骤2：合并为单个通用规则 #

借助Snakemake的通配符和expand功能，编写覆盖所有场景的规则：

# 触发所有需要生成的输出文件
rule all:
    input:
        expand(
            "{opt}/{val}/output.txt",
            opt=opt_vals_map.keys(),
            val=lambda wildcards: opt_vals_map[wildcards.opt]
        )

# 通用处理规则
rule process_opt:
    input:
        "{opt}/{val}/input.txt"
    output:
        "{opt}/{val}/output.txt"
    run:
        "./my-script.py --input {input} --output {output}"

关键说明 #

• rule all通过expand结合lambda表达式，根据当前opt通配符动态拉取对应的val列表，自动生成所有需要的输出路径。
• process_opt规则使用{opt}和{val}两个通配符，匹配所有符合{opt}/{val}结构的输入输出，完美复用原有运行命令，无需重复编写规则。

可选：添加通配符约束（避免无效组合） #

如果要防止出现opt1搭配0.01这类无效组合，可添加通配符约束：

import re

wildcard_constraints:
    opt = '|'.join(re.escape(opt) for opt in opt_vals_map.keys()),
    val = lambda wildcards: '|'.join(re.escape(str(v)) for v in opt_vals_map[wildcards.opt])

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ftcap_8989