使用pickle.load加载文件时出现__builtin__模块缺失的ModuleNotFoundError

这个错误的核心原因是你要加载的pickle文件是用Python 2生成的——__builtin__是Python 2里的内置模块，在Python 3中它已经被重命名为builtins（没有前后下划线），所以Python 3找不到这个旧模块名。

以下是几种可行的解决办法：

方法1：添加模块名映射 #

在导入pickle之前，手动把__builtin__映射到Python 3的builtins模块，让pickle能找到对应的模块：

import sys
import builtins
sys.modules['__builtin__'] = builtins

import pickle

# 你的原有加载代码
print('Restoring variable environment')
with open(VARIABLES_FILE,'rb') as variables_file:
    Compartment_CL = pickle.load(variables_file)
    MetList_CL = pickle.load(variables_file)
    GeneList = pickle.load(variables_file)
    RxnList_CL = pickle.load(variables_file)
print('Variable environment restored')

方法2：启用pickle的导入修复 #

pickle自带了fix_imports参数（默认值为True，但显式设置更稳妥），它会自动转换Python 2到3的导入名称，解决这类模块名不兼容问题：

import pickle

print('Restoring variable environment')
with open(VARIABLES_FILE,'rb') as variables_file:
    Compartment_CL = pickle.load(variables_file, fix_imports=True)
    MetList_CL = pickle.load(variables_file, fix_imports=True)
    GeneList = pickle.load(variables_file, fix_imports=True)
    RxnList_CL = pickle.load(variables_file, fix_imports=True)
print('Variable environment restored')

方法3：转换为跨版本通用格式（长期方案） #

如果上述方法都无效，说明pickle里的对象可能依赖Python 2的其他特性，建议用Python 2重新导出数据为JSON、CSV这类跨版本兼容的格式，再用Python 3读取。pickle的版本兼容性本来就差，用通用格式能避免后续类似问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Helena