无sudo权限的CentOS7服务器GLIBCXX_3.4.26缺失问题求助

问题详情 #

在CentOS7计算服务器（Python3.8.16）运行代码时，导入scipy报错：

ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /var/lib/condor/execute/slot1/dir_743791/gcn_test/lib/python3.8/site-packages/scipy/linalg/_matfuncs_sqrtm_triu.cpython-38-x86_64-linux-gnu.so)

执行strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX确认系统缺少GLIBCXX_3.4.26版本，且无sudo/管理员权限无法进行系统级更新。

已尝试但无效的方法 #

• 执行conda install libstdc++-ng、conda install libgcc及相关更新操作
• 设置环境变量export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/miniconda3/lib
• 删除库文件夹中的旧版libstdc++

可用解决方案（无需管理员权限） #

方案1：从conda-forge安装高版本libstdc++-ng并优先加载 #

你的conda环境已配置conda-forge源，直接安装兼容版本：

conda install -c conda-forge libstdc++-ng=12.2.0

修改环境变量，让conda库优先于系统库加载（将conda路径放在最前面）：

export LD_LIBRARY_PATH=~/miniconda3/lib:$LD_LIBRARY_PATH

可将这条命令添加到~/.bashrc或~/.bash_profile，避免每次登录重复设置。

方案2：降级scipy到兼容系统的版本 #

scipy 1.10.1对GLIBCXX版本要求较高，降级到1.7.3版本即可适配：

pip install scipy==1.7.3 --force-reinstall

方案3：手动编译安装libstdc++到用户目录 #

1. 下载gcc-9.5.0源码（该版本包含GLIBCXX_3.4.26）：

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-9.5.0/gcc-9.5.0.tar.gz
tar -xzf gcc-9.5.0.tar.gz
cd gcc-9.5.0
./contrib/download_prerequisites

2. 创建编译目录并指定安装到用户本地：

mkdir build && cd build
../configure --prefix=$HOME/local/gcc --disable-multilib
make -j$(nproc)
make install

3. 设置环境变量优先加载本地编译的库：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/gcc/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

同样可将该命令添加到shell配置文件中。

附conda list信息 #

# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main  
_openmp_mutex             5.1                       1_gnu  
absl-py                   1.4.0                    pypi_0    pypi
appdirs                   1.4.4              pyhd3eb1b0_0  
astunparse                1.6.3                    pypi_0    pypi
blas                      1.0                         mkl  
brotlipy                  0.7.0           py38h27cfd23_1003  
ca-certificates           2023.01.10           h06a4308_0  
cachetools                5.3.0                    pypi_0    pypi
certifi                   2023.5.7         py38h06a4308_0  
cffi                      1.15.1           py38h5eee18b_3  
chardet                   5.1.0                    pypi_0    pypi
charset-normalizer        3.1.0                    pypi_0    pypi
contourpy                 1.0.7                    pypi_0    pypi
cryptography              39.0.1           py38h9ce1e76_0  
cycler                    0.11.0                   pypi_0    pypi
flatbuffers               23.3.3                   pypi_0    pypi
fonttools                 4.39.0                   pypi_0    pypi
gast                      0.4.0                    pypi_0    pypi
google-auth               2.16.2                   pypi_0    pypi
google-auth-oauthlib      0.4.6                    pypi_0    pypi
google-pasta              0.2.0                    pypi_0    pypi
grpcio                    1.51.3                   pypi_0    pypi
h5py                      3.8.0                    pypi_0    pypi
idna                      3.4              py38h06a4308_0  
importlib-metadata        6.0.0                    pypi_0    pypi
importlib-resources       5.12.0                   pypi_0    pypi
intel-openmp              2021.4.0          h06a4308_3561  
keras                     2.11.0                   pypi_0    pypi
kiwisolver                1.4.4                    pypi_0    pypi
ld_impl_linux-64          2.38                 h1181459_1  
libclang                  15.0.6.1                 pypi_0    pypi
libcxx                    14.0.6               h83ecd13_0  
libcxxabi                 14.0.6               h06a4308_0  
libffi                    3.4.2                h6a678d5_6  
libgcc-ng                 11.2.0               h1234567_1  
libgfortran-ng            11.3.0              h69a702a_19    conda-forge
libgfortran5              11.3.0              h39d6296_19    conda-forge
libgomp                   11.2.0               h1234567_1  
libstdcxx-ng              11.2.0               h1234567_1  
llvm-openmp               14.0.6               h9e868ea_0  
markdown                  3.4.1                    pypi_0    pypi
markupsafe                2.1.2                    pypi_0    pypi
matplotlib                3.7.1                    pypi_0    pypi
mkl                       2021.4.0           h06a4308_640  
mkl-service               2.4.0            py38h7f8727e_0  
mkl_fft                   1.3.1            py38hd3c417c_0  
mkl_random                1.2.2            py38h51133e4_0  
ncurses                   6.4                  h6a678d5_0  
networkx                  3.0                      pypi_0    pypi
numpy                     1.24.2                   pypi_0    pypi
numpy-base                1.23.5           py38h31eccc5_0  
oauthlib                  3.2.2                    pypi_0    pypi
openssl                   1.1.1t               h7f8727e_0  
opt-einsum                3.3.0                    pypi_0    pypi
packaging                 23.0             py38h06a4308_0  
pillow                    9.4.0                    pypi_0    pypi
pip                       23.0.1           py38h06a4308_0  
pooch                     1.4.0              pyhd3eb1b0_0  
protobuf                  3.19.6                   pypi_0    pypi
pyasn1                    0.4.8                    pypi_0    pypi
pyasn1-modules            0.2.8                    pypi_0    pypi
pycparser                 2.21               pyhd3eb1b0_0  
pyopenssl                 23.0.0           py38h06a4308_0  
pyparsing                 3.0.9                    pypi_0    pypi
pysocks                   1.7.1            py38h06a4308_0  
python                    3.8.16               h7a1cb2a_3  
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
readline                  8.2                  h5eee18b_0  
requests                  2.28.2                   pypi_0    pypi
requests-oauthlib         1.3.1                    pypi_0    pypi
rsa                       4.9                      pypi_0    pypi
scipy                     1.10.1           py38h14f4228_0  
setuptools                66.0.0           py38h06a4308_0  
six                       1.16.0             pyhd3eb1b0_1  
sqlite                    3.41.2               h5eee18b_0  
tensorboard               2.11.2                   pypi_0    pypi
tensorboard-data-server   0.6.1                    pypi_0    pypi
tensorboard-plugin-wit    1.8.1                    pypi_0    pypi
tensorflow                2.11.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-estimator      2.11.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-io-gcs-filesystem 0.31.0                   pypi_0    pypi
termcolor                 2.2.0                    pypi_0    pypi
tk                        8.6.12               h1ccaba5_0  
typing-extensions         4.5.0                    pypi_0    pypi
urllib3                   1.26.15          py38h06a4308_0  
werkzeug                  2.2.3                    pypi_0    pypi
wheel                     0.38.4           py38h06a4308_0  
wrapt                     1.15.0                   pypi_0    pypi
xz                        5.2.10               h5eee18b_1  
zipp                      3.15.0                   pypi_0    pypi
zlib                      1.2.13               h5eee18b_0  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者User20354