如何将多个.nii文件合并为单个.nii.gz文件（Matlab环境）

gzip('*.nii')仅对单个NIfTI文件做压缩，无法合并文件内容。要实现合并后压缩，需先合并多个.nii文件的图像数据，再生成单个压缩文件，具体步骤如下：

1. 获取目标.nii文件列表 #

先获取当前目录下所有待合并的.nii文件：

niiFiles = dir('*.nii'); % 文件在其他目录时，需指定完整路径

2. 读取并合并图像数据 #

假设所有待合并的.nii文件空间尺寸（x/y/z轴）一致，这里以按第四维（如时间序列、多模态通道）合并为例，若需按其他维度（如z轴切片）合并，调整cat的维度参数即可：

% 初始化合并数据变量
mergedData = [];
% 读取第一个文件的头信息作为基准（确保空间信息统一）
refHeader = niftiinfo(niiFiles(1).name);

for idx = 1:length(niiFiles)
    % 读取当前文件的图像数据
    currData = niftiread(niiFiles(idx).name);
    % 合并数据
    if isempty(mergedData)
        mergedData = currData;
    else
        mergedData = cat(4, mergedData, currData); % 4代表第四维，可按需改为3（z轴）等
    end
end

% 更新头信息的图像尺寸，匹配合并后的数据
refHeader.ImageSize = [refHeader.ImageSize(1:3) size(mergedData, 4)];

3. 保存并压缩为单个.nii.gz文件 #

提供两种实现方式：

方法1：先保存未压缩文件再压缩 #

% 保存合并后的未压缩.nii文件
niftiwrite(mergedData, 'merged_result.nii', refHeader);
% 压缩为.nii.gz
gzip('merged_result.nii');
% 可选：删除临时未压缩文件
delete('merged_result.nii');

方法2：直接保存为压缩格式（Matlab R2020b及以上版本支持） #

niftiwrite(mergedData, 'merged_result.nii.gz', refHeader);

注意事项 #

• 所有待合并的.nii文件必须具有相同的空间分辨率、x/y/z轴尺寸，否则合并会失败。若尺寸不一致，需先做图像配准或重采样处理。
• 合并维度需根据实际数据类型选择：合并连续切片选第三维（cat(3,...)），合并时间序列选第四维（cat(4,...)）。
• 若文件头信息存在差异（如像素间距、坐标系），需统一头信息后再合并，避免最终文件读取异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ed K