继承torch_geometric Dataset时无法实例化抽象类的问题

问题代码 #

from torch_geometric.data import Data, Dataset
import numpy as np

class GraphTimeSeriesDataset(Dataset):
    def __init__(self):
        # Initialize your dataset here
        pass

    def __len__(self):
        # Return the total number of samples in the dataset
        return len(self.data_list)

    def __getitem__(self, idx):
        # Return the data sample at the given index
        return self.data_list[idx]

dataset = GraphTimeSeriesDataset()

错误信息 #

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[4], line 17
     13     def __getitem__(self, idx):
     14         # Return the data sample at the given index
     15         return self.data_list[idx]
---> 17 dataset = GraphTimeSeriesDataset()

TypeError: Can't instantiate abstract class GraphTimeSeriesDataset with abstract methods get, len

问题解答 #

1. 错误由环境还是代码本身导致？ #

由环境版本差异导致，代码在特定版本的PyTorch Geometric中可正常运行，但版本不同对类的实现要求不一致。

2. 如何调整代码避免错误？ #

有两种适配方案：

• 方案一：适配新版本要求，重写len()和get()方法（替代原魔术方法）

  from torch_geometric.data import Data, Dataset
  import numpy as np
  
  class GraphTimeSeriesDataset(Dataset):
      def __init__(self):
          super().__init__()  # 必须调用父类初始化方法
          # 此处替换为实际数据加载逻辑，示例初始化空列表
          self.data_list = []
  
      def len(self):
          return len(self.data_list)
  
      def get(self, idx):
          return self.data_list[idx]
  
  dataset = GraphTimeSeriesDataset()
  

• 方案二：兼容新旧版本，继承InMemoryDataset（更适合内存型数据集）

  from torch_geometric.data import InMemoryDataset, Data
  import numpy as np
  
  class GraphTimeSeriesDataset(InMemoryDataset):
      def __init__(self):
          super().__init__('./dataset_cache')  # 指定数据集缓存路径
          # 加载并处理数据为Data对象列表
          self.data_list = []
          self.data, self.slices = self.collate(self.data_list)
  
      def process(self):
          # 在此实现数据读取、转换为Data对象的逻辑
          pass
  

3. 根本原因是什么？ #

PyTorch Geometric的Dataset抽象类在版本迭代中修改了强制实现的方法：

• 旧版本接受子类实现__len__和__getitem__魔术方法；
• 新版本将强制实现的抽象方法改为len()和get()，未实现这两个方法的子类会被判定为抽象类，无法实例化。
  另外原代码未调用父类__init__方法，在旧版本可能未触发报错，但新版本中这是必要操作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者theabc50111